Tradicionalmente se ha señalado el año de 1690 como fecha de fundación de Marinilla, a la cual se le concedió el título de Villa el 21 de noviembre de 1787 mediante Real Cédula del Rey Carlos III, título honorífico y de muestra de prosperidad y desarrollo.
Los documentos más convincentes, que provienen de las crónicas españolas de los años de la Conquista, sugieren que alrededor de 1540 el Mariscal Jorge Robledo, por entonces explorando el Valle de Aburrá, envió una comisión soldadesca para explorar las tierras de lo que hoy constituye Marinilla. Esta comisión regresó pronto donde el Mariscal Robledo para informarle que por los lados de lo que hoy es Marinilla no habían hallado “nada de sustancia”.
Años más tarde, otros aventureros españoles, entre ellos el capitán Francisco Núñez Pedroso, fundador de Mariquita, y Francisco Martínez Ospina, a quien se atribuye la fundación de Nuestra Señora de los Remedios, llegaron hasta las montañas del Oriente de Antioquia, pasando por donde hoy está Marinilla.
Muchas décadas transcurrieron hasta que en 1709 empezó a formarse en la localización de la actual población un pequeño caserío dependiente del poblado circundante de Remedios. Poco después esta nueva aldea, que inicialmente recibiera el nombre de San José de Marinilla, se convirtió por disposiciones del gobierno en una viceparroquia perteneciente al curato de Rionegro.
Entonces según los datos disponibles, los fundadores de Marinilla fueron don Juan Duque de Estrada, proveniente de Mariquita, y don Francisco Manzueto Giraldo, proveniente de Santiago de Arma.
El 31 de enero de 1752, la viceparroquia de Marinilla se elevó a la categoría de Parroquia, mediante autorización del Obispo de Popayán y por decreto del Virrey José Alfonso Pizarro.
Aislada como estaba Marinilla en medio de la selva, tal como la mayor parte de las ciudades de Antioquia en esta época, transcurrió la vida de la población sin mayores acontecimientos históricos durante los días de la Colonia.
Sólo cuando el ansia de despojarse del dominio de España llegó a estas tierras, estas volvieron a expresarse en su mejor condición tal cual era la de aportar a sus propios hijos para librar la cruzada de La Independencia. Fue entonces Marinilla una de las primeras ciudades en ofrecer sus hijos para la cruzada emancipadora, donde se distinguieron en memorables hechos.
Pero de la historia de esta ciudad llama la atención el hecho de que sus ciudadanos no quisieron acompañar al General José María Córdoba en su insurrección contra Simón Bolívar, pese a haberlo acompañado en otras decisivas campañas libertadoras. Al respecto cuenta el discurso del entonces cura de Marinilla que los marinillos fueron muy valientes en este período de la Independencia.
Cuando el General José María Córdoba llegó a Marinilla por primera vez, encontró ya formado un batallón vigoroso que marchó inmediatamente con él a las batallas. Hablando de los hijos de esta noble ciudad, el genio militar antioqueño José María Córdoba exclamaba: "Marinilla es el pueblo que mejores servicios le ha prestado a la República. a su lado yo moriré antes que rendirme al cobarde español". Cuando la rebelión de Córdoba en 1829, los marinillos se negaron a prestarle apoyo. fue en esta ocasión cuando el ilustre sacerdote Jorge Ramón Posada, cura de Marinilla, dirigió al Mariscal de Ayacucho las siguientes palabras:
"General Córdoba: este pueblo admira e idolatra a usted desde que lo conoció en 1820. Para la lucha contra la corona española, dio a usted cuanto tenía: víveres, cabalgaduras, dinero y centenares de sus hijos que supieron cubrirse de gloria al lado suyo desde Chorros Blancos y Cartagena, hasta Pichincha y Ayacucho. Pero hoy, con dolor de nuestras almas, no podemos seguirlo en la rebelión contra el Padre de la Patria. No nos gusta tampoco la dictadura, pero creemos que debe apelarse a otros medios para combatirla. No consideramos prudente ni patriótico que sea Antioquia la primera que vaya a lanzar a este noble país a los horrores de la guerra civil y fratricida”.
Marinilla es un centro cultural del Oriente Antioqueño, poseedor de un altísimo valor histórico. A pesar de que originalmente la zona donde hoy se asienta era minera en la que se introdujeron esclavos negros y que había sido habitada por indígenas, Marinilla es un pueblo donde no hubo tanto mestizaje como en otros municipios de Antioquia, de modo que la gente suele ser más zarca, e incluso se ven muchas personas de piel blanca, pelo rubio y ojos claros.
Marinilla es también un pueblo altamente religioso y conservador en sus tradiciones, donde los diferentes artes y oficios se mantienen por generaciones. Por supuesto entonces, en Marinilla no es raro encontrar a alguien que todavía cocine lo que comían los arrieros, o alguien que cuente historias de antepasados o construya guitarras como lo hacían en el pueblo desde hace muchos años.
Marinilla ha participado de forma notoria en la organización y administración del Estado Colombiano, pues un gran número de sus hijos ha ocupado las más altas curules de Colombia como Senadores, Representantes a la Cámara y otras altas posiciones de funcionarios estatales.
